TRIPS協議第51條至60條專門就成員國海關采取邊境措施以保護知識產權人的合法權益作出了規定。該協議第51條規定：“成員方應依照以下規定采納程序，使有確鑿根據懷疑仿冒商標商品或盜版商品的進口可能發生的權利人能夠以書面形式向主管的行政或司法當局提出山海關當局中止放行該貨物進入自由流通的申請。在本節的要求得到滿足的條件下，成員方可使對含有其他侵犯知識產權行為貨物的申請能夠被提出。成員方還可規定關于海關當局中止放行從其境內出口的侵權貨物的相應程序。”因此，海關可因權利人的申請或者依據職權而主動采取邊境措施。就權利人的申請而言，TRIPS協議第52條、53條對申請的條件以及提出申請時應提供的保證金或者擔保作出了詳盡的規定。而就海關主動采取措施而言，該協議第58條亦規定：“如果成員要求主管當局在其己獲得初步證據表明有關商品侵犯知識產權時，主動采取行動，中止放行……”
　　與此同時，TRIPS協議第59條規定了相應的救濟制度：“在不妨害權利持有人有自山采取行動的其他權利，并使被告有權尋求司法當局進行復審的前提下，主管當局應有權依照上文第46條的原則，責令銷毀或處置侵權商品。對于假冒商標的商品，除個別場合外，主管當局不得允許該侵權商品按照原封不動的狀態重新出口，或以不同的海關程序處理該商品。”而根據該協議第46條之規定：“為了對侵權活動造成有效威聶，司法當局應有權在不進行任何補償的情況下，將已經發現的正處于侵權狀態的商品排除出商業渠道，排除程度以避免對權利持有人造成任何損害為限，或者，只要不違背現行憲法的要求，應有權責令銷毀該商品。司法當局還應有權在不進行任何補償的情況下，責令將主要用于制作侵權商品的原料與工具排除出商業渠道，排除程度以盡可能減少進一步侵權的危險為限。在考慮這類請求時，應顧及第三方利益，并顧及侵權的嚴重程度和所下令使用的救濟之間相協調的需要。對于假冒商標的商品，除了個別場合，僅將非法附著在商品上的商標拿掉，尚不足以允許這類商品投放商業渠道。”由此可見，TRIPS協議就海關采取行政執法措施的規則為成員國制定相應的國內立法提供了重要的國際法淵源。